Pienso que esto no seria muy complicado, si usas un detector de movimiento (como los que se usan en las alarmas de casa) para prender el circuito temporizador que luego de un tiempo envie la senal para el Stop.
El temporizador lo puedes hacer con un circuito 555 es bastante sencillo si juegas un poco con las posibilidades de este IC, ahora si no te resultara, te podria ayudar a disenar uno.

Otra opcion es usar los pulsos del mismo circuito de la puerta de control remoto, si buscas con un medidor, encontraras que hay un pulso que activa el motor para abrir y hay otro pulso, cuando la puerta termina el cierre, pero claro el Stop se daria tan pronto como la puerta termine de cerrar.

Espero que estas ideas te ayuden en tu proyecto.

Saludos
Oscar